農產品的污染主要來自幾方面：首先是工業廢棄物污染耕地、水源還有大氣，使有害物質在農產品中聚積；其次是為了讓農業產品的快速增產，在種植過程中使用一定數量的農藥，從而導致農藥的有害的化學物質殘留；例如農產品有的鎘，鉛等重金屬殘留。還有則是包括DDT在內的有機氯類農藥難以降解，其殘留性很強。
根據殘留的特性，可把殘留性農藥分為三種：容易在植物機體內殘留的農藥稱為植物殘留性農藥 ，如六六六、異狄氏劑等； 易于在土壤中殘 留的農藥稱為土壤殘留性農藥，如艾氏劑、狄氏劑等；易溶于水，而長期殘留在水中的農藥稱為水體殘留性農藥，如異狄氏劑等。在全球貿易一體化的今天，農藥最高殘留限量也成為各貿易國之間重要的技術壁壘。世界衛生組織和聯合國糧 農組織（WHO/FAO）同時對農藥殘留限量的定義為 ， 按照良好的農業生產（GAP）規范，直接或間接使用農藥后，在食品和飼料中形成的農藥殘留物的最大濃度。
農產品中的農藥及種金屬超標對人體的傷害也是不言而喻的，其危害致使人們長期慢性中毒，輕危情況下使人體機能受到損害，長期情況下會致人體出現不可逆轉的傷害，從而出現病變等情況。
